Prof. Dr. Fatma Acun, lisans öğrenimini 1982'de Ankara Üniversitesi, Dil-Tarih ve Coğrafya Fakültesi, Tarih Bölümü'nde yapmıştır. 1985'te Gazi Üniversitesi Sosyal Bilimler Enstitüsü'nde "1576 Tarihli Defter-i Evkaf-ı Rum'a Göre Tokat Merkez Kazası Vakıf Kayıtları" başlıklı tez ile bilim uzmanlığı derecesini almıştır. Doktorasını 1994'te Centre for Byzantine Ottoman and Modern Greek Studies, The University of Birmingham, Birmingham, England. "Ottoman Administration in the Sancak of Karahisar-ı Şarkî: An Analysis Based on the Tahrir Defters (1485-1569)" başlıklı tez ile yapmıştır.
Prof. Dr. Fatma Acun halen Hacettepe Üniversitesi Atatürk İlkeleri ve İnkılap Tarihi Enstitüsünde öğretim üyesi olarak görev yapmaktadır. Acun, Osmanlı sosyal ve ekonomik tarihi; Türkiye Cumhuriyeti tarihi; tarih metodolojisi; prosopografi alanlarında eserleri bulnan Prof. Dr. F. Acun Atatürk İlkeleri ve İnkılâp Tarihi (lisans); Osmanlı Paleografyası I-II (Yüksek Lisans); Yakın Dönem Tarihi Metodolojisi (Yüksek Lisans); Yakın Dönem Tarihi Belgeleri (Doktora) gibi dersler vermektedir.
Prof. Dr. Fatma Acun'un akademik faaliyetleri ve bilimsel yayınları ile ilgili detaylı bilgi :